Чтобы не случилось недоразумений.

Могли сгнить верхние слои в мостовой? В принципе могли - такая гипотеза имеет место быть.
Сгнили ли они? Скорее всего нет - для этого нужны довольно специфические условия (вода ушла - но не совсем), нужно, чтобы люди ездили по трухе и в ус не дули, а ответственные за мостовые забыли про свой мостовой устав.
Поэтому версия НФ о том, что вверху - XIX век - кажется вполне привлекательной.

Что касается - был ли Великий Новгород на Ладоге - вопрос открытый. Судя по нижнему слою раскопа - городом там и не пахло. С другой стороны, мы знаем случаи, когда княжеские заимки, заложенные на болотах около речек, становились неожиданными столицами...