>Для начала хотелось бы увидеть рисунки или фотографии озера
>Ильмень при обычной (среднегодовой) и максимальной площади
>поверхности.



Крупнее здесь:
http://www.ntsomz.ru/news/news_center/ok_28_04_12/print

>>А почему бы не сделать предположение о том, что уровень озера
>>был ниже современного и часть археологических комплексов
>>теперь находится под водой?

Есть предположения, что северный берег озера Ильмень опускается в противоположность поднимающемуся южному берегу.Ильменский глинт
- наглядное тому подтверждение.
Соответственно, какие-то древние поселения на северном берегу озера могли быть затоплены (как, например, неолитические Коломцы), а на южном берегу их нет, потому, что он находился под водой (по некоторым сведениям - Старая Русса находилась почти на берегу озера).


>>Или наоборот - уровень воды был выше, что подтверждает
>>отсутствие таких находок в междуречьях Малого Волховца и Мсты,
>>Полисти и Ловати, Ловати и Полы?
>При сезонном подъёме воды перечисленные
>междуречья не затапливаются?

Бывает, что затапливаются...
Но сейчас там есть населенные пункты, а раньше не было...