>чего-то других вариантов "прописное концевое" для
>других букв не наблюдается в греческом алфавите.

Ну и что?
Возможно, некогда концевая сигма была особой буквой, произношение которой слегка отличалось от обычной сигмы, но затем они слились в одну, а старое написание осталось.
Может, ещё какие прчины были.
Порасспрашивайте лингвистов.

>а варианты с Σ для обеих "прописных",
>разумеется, не видели ?

Прописная Строчная сигма всегда пишется одинаково.