Есть еще моравский город БРНО.

По поводу Барнаула, тут извечный вопрос: город (поселение) от реки. Или река от поселения: Москва-Москва, Барнаул-Барнаулка, Бийск-Бия (тут видимо проще)...

Считают, что Барнаул от названия реки. По поводу реки разные версии, одна из них - с какого-то языка (естественно в искажении): барн - мутная, ул - река. Я бы не сказал, что Барнаулка мутная река, например по сравнению с Обью она просто прозрачная.

А вот течет исключительно по узкому БОРУ (реликтовому, сосновому), т.е. пока моя гипотеза, что Барнаулка - Боровая река. БОР - возможно индоевропейское слово, означающее бор, сосну, лес и т.п. Возможно отсюда медведь (Bar), из хвойного леса.