> еще в 1837 году, во времена издания Псковских летописей, Юстиниан для историков пребывал в 17 веке

Не обязательно. Ведь то, что мы имеем сегодня под видом летописей – не оригиналы, а их отредактированные версии. Просто редакторы Псковского летописца не заметили сюжет с Афинеей и переписали его в новодельный «подлинник».

Тем более, что Вы и сами пишете, что «историю правили не одномоментно, а в течение длительного периода времени».