> Помню, в какой-то из статей, связанных с Варвариной берестой,
>было отмечено несоответствие между слоем, где она была найдена
>(11 век), и первым летописным упоминанием Варвариного
>монастыря (12 век).

"Находка сразу же породила проблему. Усадьба "Е", где она была обнаружена, находится на древней Черницыной улице, которая получила свое название от некогда расположенного на ней девичьего монастыря св. Варвары. Разумеется, в первой трети XI в. никакого монастыря здесь быть еще не могло: самые ранние монастыри на Руси возникают лишь во второй половине XI в., а новгородский Варварин монастырь впервые упомянут в летописи под 1138 г., то есть более чем на 100 лет позднее нашей находки. Оказывается, св. Варвара особенно почиталась на славянском побережье южной Балтики, а именно оттуда в Новгород пришли первые славянские поселенцы, потомки которых и в дальнейшем не теряли связей со своей прародиной. Св. Варвару считали покровительницей рыбаков и мореходов. Отметим, что в тех слоях, где обнаружена эта находка, предметы, связанные с рыболовством, встречаются в изобилии".
А.А. Зализняк, В.Л. Янин. Новгородская псалтырь начала XI века – древнейшая книга Руси // Вестник РАН, том 71, № 3, 2001.
http://vivovoco.astronet.ru/VV/JOURNAL/VRAN/BOOK/BOOK.HTM
Проблема решается следующим предположением:
"Можно полагать, что принесенное в Людин конец Новгорода из южной Балтики почитание св. Варвары оказалось столь прочным, что спустя несколько десятилетий после 1029 г. в ее честь именно здесь был основан монастырь".

> Есть ли еще подобные несоответствия между археологическими
>слоями и летописями?

По сути несоответствия нет. Вначале на определенной территории зарождается либо же приносится извне культ почитания святого или святой, в данном случае Варвары, а через некоторое время на этих землях основывается монастырь в ее честь.