На авось такие проекты не делаются.
Не вижу никаких препятствий для трассировки при помощи простейших приспособлений. Простейший уровень позволяет определить наличие наклона на достаточно больших расстояниях. Когда Вы видите текущую воду, Вы даже не подозреваете, что это и есть простейший уровень? Корыто с водой, выставленное по лучу зрения, сразу покажет наличие наклона.
Трассировка при строительстве не намного сложнее - поток воды пускается по временному лёгкому лотку, и его перемещение по вертикали даёт очень точную трассировку.
Рассуждения авторов ссылки об измерении расхода мне видятся необоснованными. В чём цель такого измерения, если налог на недра придумают гораздо позже. Во многих современных технологиях в лотках устанавливают перегородки, обеспечивающие постоянство уровня для снижения разбрызгивания, сглаживания динамических ударов и многих других целей.
Нестыковки древних нам увидеть вряд ли удастся - всё сломано и пошло на другие проекты. А вот современных - пруд пруди. Взять хотя бы ошибку фокуса телескопа Хаббл.