>Существует ли формальное описание применяемого НХ-логами
>алгоритма сравнения последовательностей правления?

Алгоритм опубликован, насколько я знаю, в общем виде. Опубликованы и исходные данные (в Жанне ДАрк. Единственное, что смущает - это то, что это все же не исходные данные, что Фоменко ПЕРВОНАЧАЛЬНО использовал. Хотя с другой стороны он утверждает, что эти данные вполне могут быть использованны для проверки и поисков параллелизмов).
Некоторые соображения по проблеме разбирались тут:

доказательства НХ (Лирику)
Работа с данными

>В
>сочинениях классиков я нашёл красивые диаграммы без всякой
>статистической оценки. Или это были неправильные сочинения?
>;)

А как вы предлагаете статистическое исследование расписать? Вот некоему Акимову подавай все расчеты на всех стадиях вычислений - представляете себе объем такой книжечки?

>В идеале хотелось бы видеть программу, которая по двум рядам
>даёт оценку "похожести" и интерпретацию этой оценки в
>терминах уровня значимости гипотезы совпадения.

Для написания программы все же нужно более подробное описание как делались ИЗНАЧАЛЬНЫЕ расчеты, на которых и построилась потом вся гипотеза. Надеюсь, что в новом семитомнике это будет (МЕТ-1-2). Без этого может получиться лишь подобие пародии жулика горма.