> Я не поняла, в чем заключается автоматизиция процесса.

В том, что после единоразового написания программы все последующие книги (при условии того, что файлы с картинками для них будут именоваться по тому же шаблону) можно будет делать в автоматическом режиме за пару минут. В крайнем случае, чуть дольше, если потребуется вносить поправки в алгоритм.

> Вопрос в том, что сделать быстрее. В каждой книге от 600 до 1000 иллюстраций.

Если делать руками - то муторно и то, и то, а программой - одинаково быстро. Но, чисто визуально, лично на мой взгляд, вспылвающие миниатюры однозначно лучше. Наводишь на "рис. такой-то" и сразу видишь, о какой картинке идёт речь (это особенно удобно в книгах типа "НХ Египта", в которых часто даются ссылки на иллюстрации из предыдущих глав). И, если надо, всегда можно нажать на ссылочку и рассмотреть её подробнее.

В общем, сделал я оба варианта - просто со ссылками и с миниатюрами - http://disk.tom.ru/1lj1hxz
Можете выложить на сайт второй и провести опрос на форуме, насколько такое нововведение придётся читателям по душе. А там по результатам видно будет.