1. Никаких более точных хронометров, чем песочные часы aka корабельные склянки, у Колумба быть не могло. По крайней мере, у Магеллана песочные часы использовались интенсивно. Точность сего прибора, в лучшем случае, 1..2%, то есть 15..30 минут в сутки, поэтому они пригодны только для измерения местного времени -- их надо калибровать каждый день по какому-н астрономическому событию: лучше всего по полудню, но поскольку определить астрономический полдень нелегко, скорее всего, калибровали по восходу/закату.

Калибовка по восходу/закату требует некоторого пересчёта, так как долгота дня непостоянна, но поскольку оба события произошли недалеко от экватора и во время, близкое к равноденствиям, ошибки в часы набраться не могло.

2. Мог, но не вычислил, а предпочёл оценить по пройденному расстоянию, исходя из неправильного радиуса Земли. Либо вычислил, но записал в журнал совсем другое значение. Либо не мог, потому что погода была плохая, а написать что-то надо было для отчётности.

Правильный вопрос другой: почему, если ещё в конце XV века был известен способ измерения долгот с помощью лунных затмений, за последующие 100 лет никому не пришло в голову в обсерваториях в спокойной обстановке перемерить долготы заново и получить более точное значение радиуса Земли? Единственный ответ, который приходит в голову -- этот способ не был известен.

Ещё более загадочный вопрос -- как удалось не заметить, что Земля большая, после Магеллана и Ф.Дрейка?