|||||Обсуждаемая грамота обнаружена на Троицком раскопе в слоях, в которых были найдены вислые печати времен самобытности Новгорода.

На вислых печатях не написано "Время самобытного Новгорода".

//////В слоях над ними, расположенных значительно выше, встречаются монеты 18 века, помадные банки, обломки курительных трубок. ||||||

Это слои второй половины 18 века. А слой, в котором найдена грамота - первой половины 18 века. Этим временем и датируется грамота.
Никаких противоречий не имеется.