Я вникаю в эти дела. До 30-х годов 18 века граница Российской империи была по Старой Закамской линии (примерно 50 км южнее Камы). На Южном Урале была крепость Уфа с гарнизоном. На Исети отдельные поселения. Причем, не совсем понятно кому подчинялись Исетские казаки. Башкирские рода формально заключили с Московским царством протоимперские договоры. Каждый род в отдельности. Царство гарантировало неприкосновенность вотчин каждого рода, а род за это обязался платить умеренный ясак. Это классическое крышевание.


В 1737-1744 гг. произошло завоевание Южного Урала. Замаскировано под Оренбургскую экспедицию и восстание башкир. Все делалось на пределе сил. Планировалось создать мощную базу в Оренбурге (в Орске) и снабжать ее провиантом с Исети. До Верхнеуральска телегами, а ниже по реке Урал. Но первый же обоз (1000 телег) был разгромлен. Гарнизон в Орске большей частью погиб от голода и холода. Планировалось от Орска перейти в Низовья Сырдарьи и там основать крепость. Но от этих планов пришлось отступить. Главную опорную крепость перенести в современный Оренбург и снабжали ее по Самарской оборонительной линии (с пол-дюжины крепостей).

То есть, реалии "Пугачевской" войны нужно начинать распутывать с завоевания Южного Урала в 1737-1744 гг.