Эти жители
>отказывались признавать власть князя.

забыл добавить, что свои - не свои, но русские. Живущие на приграничной территории. А если их перерезать, то кто встанет на пути неприятеля в случае чего? Вы считаете Ивана III совсем дураком, что бы открывать дорогу к своим землям всяким тевтонцам? Или он считал, что их Александр Невский так напугал, что они больше и носа не сунут?
К тому же кто не жалел признавать власть князя - бояре или прямо все холопы включительно?