Если рассмотреть вашу гипотезу об исправлениях и изъятии "неправильных" названий в 16 веке, то логичнее предположить, что "неправильные" названия не убирали бы вовсе, а просто заменили на "правильные", как это сделали со многими историческими текстами.

А вообще в Коране имена собственные (в отношении географии) употребляются крайне редко. Я смог вспомнить только: Румы (Рим?), Миср (Египет?). И это на весь Коран!

Так что, объяснение простое - стиль такой. А раз так, то и изменения просто не было необходимости вносить.