то есть не интонацией, а выше-ниже? Тогда да, в русском, пожалуй, нет.
Хотя есть два соображения:

- Я думаю, что тональные отличия могли существовать ранее, но они сглаживаются по мере развития письменности. Письменность унифицирует и произношение.

- По ыдее, звуки И и Ы отличаются ыменно тоном. Тогда в качестве примера можно привести БЫЛО и БИЛО, напрымер.