Я не спорю, что проблем с классификацией нет. Их полно. Они связаны с тем, что любая классификация - продукт мыслительной деятельности классификатора. Попытки объективизации, типа нумерической таксономии, оказались не полностью состоятельными. Филогенетическая систематика - получше, поскольку учитывает эволюционное родство. Но тоже проблем хватает.

Тем не менее, ОБЫЧНО проблема классификации связана с отнесением к семейству (реже), роду или виду (чаще), но не классу, тем более, когда речь идет о позвоночных.

По поводу происхождения млекопитающих, мне кажется, есть согласованность: терапсиды дали цинодонта, который и явился основным родоначальником.