если этот эпитет употреблялся в отношении разных величественных средневековых городов, то в отношении столицы Священной Римской империи он употреблялся в первую очередь.

А вот когда он стал употребляться в первую очередь?
Не тогда ли, когда Ватикан и католичество вошли в полную силу?
Наверное, этот период можно определить с достаточной степенью точности.
Возможно, Рим стал Римом в средние века, благодаря помощи Ватикана, и, возможно, перетащил на себя историю не одного древнего богатого и могущественного города, к которому применялся эпитет "Рим".