calculate – считать, подсчитывать; calculator – калькулятор.

calculate (v.) (считать, оценивать с помощью математики); из латинского «calculates», причастие прошедшего времени от «calculare» - считать, подсчитывать, вычислять; из «calculus» - камень.
1560s, "to compute, to estimate by mathematical means," from Latin calculatus, past participle of calculare "to reckon, compute," from calculus (see calculus). Meaning "to plan, devise" is from 1650s. Replaced earlier calculen (mid-14c.), from Old French calculer. Related: Calculable.

calculus (n.) (исчисление); из латинского «calculus» - камень, но и считать; уменьшительное от «calx» - родительный падеж «calcis» - известняк.
1660s, from Latin calculus "reckoning, account," originally "pebble used as a reckoning counter," diminutive of calx (genitive calcis) "limestone" (see chalk (n.)). Modern mathematical sense is a shortening of differential calculus. Also used from 1732 to mean kidney stones, etc., then generally for "concretion occurring accidentally in the animal body," such as dental plaque. Related: Calculous (adj.).

1675:
CALCULUS, a Little Pebblo (сейчас – pebble), or Gravel-Stone – маленькая галька; the Stone in the Kidneys or Bladders, a Counter to cast Accounts with; also a Chess-man or Table-man. Камни в почках или мочевом пузыре; бухгалтер; так же шахматист.

1826:
CALCULUS, v. a. to compute, to reckon; from L. “calculi”, pebbles, with which accounts were kept on a table resembling a chess board.
Считать, подсчитывать; из латинского “calculi” – галька, с помощью которой велись подсчеты на доске, подобной шахматной.

1828:
CALCULUS – галька (галька – голый или круглый, гальку все видели?). Из “calx”, “calcis” – камень. Дальше - CALCULO – I CALCULATE (я веду подсчет, считаю) – из “calculus” – камень, счетчик (counter). Вот так из нашей гальки получился калькулятор.
А потом, когда стали записывать подсчеты с помощью цифр, видимо их уже писали на доске с помощью мела. Мел – «chalk». Но первоначальный смысл, когда пользовались камушками для подсчетов, был уже утрачен.

БиЕ:
Гальки
— В отличие от валунов (см. это слово), у которых часто наблюдаются округленные ребра, гальками называют обломки горных пород — яйцевидные, круглые или плоские, вполне окатанные ледниками или горными ручьями и потоками. Хотя, таким образом, вообще не исключается возможность ледникового происхождения Г., но по характеру деятельности ледников, истирающих, сглаживающих, но не окатывающих попавшие в них обломки, продуктами ледниковой обработки чаще являются валуны, гальки же в большинстве случаев представляют результат округления обломков горных пород действием текучей воды. Но так как горные потоки при всей своей громадной переносной силе не могут перекатывать в своем русле слишком больших обломков, то Г. никогда не достигают таких крупных размеров, как некоторые валуны. Обыкновенная величина Г. колеблется между размерами лесного ореха и человеческой головы. В виде Г. встречаются почти все горные породы, слагающие земную кору, за исключением пород рыхлых, дающих более тонкие продукты разрушения (песок, ил), а также пород, легко растворимых в воде, как, например, каменная соль. Разрушаясь под действием воды и процессов выветривания, Г. распадаются на более мелкие частицы: хрящ, гравий, песок. Значительные скопления, известные под именем галечника, составляют обычное явление в горных странах, в верховьях речных долин. В предгорьях Тянь-Шаня и некоторых местностях Монголии, по описаниям Романовского, Потылицына, Мушкетова и других, мощные слои почти чистого галечника, переслаивающегося с песчано-глинистыми или лёссовидными породами нередко занимают площади в несколько квадратных километров.
Б. П.
.

Фасмер:
галька (Даль, ср. также Мельников). Это слово Калима (FUF 18, 21) считает заимств. из коми gal'a "камешек, галька", которое сравнивается с удм. ke̮li̮ (Вихм. – Уотила 50). Калима (RLS 50) принимал также обратное направление заимствования. Я предпочел бы ввиду распространенности русск. слова точку зрения о слав. происхождении и родстве с голый; см. также Горяев, ЭС 73. Ср. голыш "мелкий круглый камешек".

галька Искон. Суф. производное от галя «маленький круглый камень», того же корня (с перегласовкой о/а), что и галушка, голыш, голый. Школьный этимологический словарь русского языка. Происхождение слов. — М.: Дрофа Н. М. Шанский, Т. А. Боброва 2004

На мой взгляд, слово происходит от «коло» - круг. Впрочем, слово «голый» из того же куста – «кл»/ «гл» / «хл».