Слова КОН- КОНец - исКОНи основаны на древнем пракорне чѦ=чь=чин, рассмотренном здесь http://chronologia.org/cgi-bin/dcforum/dcboard.cgi?az=show_thread&om=22&forum=DCForumID18&omm=422&viewmode=threaded и здесь
http://chronologia.org/cgi-bin/dcforum/dcboard.cgi?az=show_thread&om=26&forum=DCForumID18&omm=28&viewmode=threaded

КОН

Значение:
1. отдельная партия в некоторых играх

Этмология:
Происходит от праслав. , от кот. в числе прочего произошли: др.-русск. конъ «предел», русск. кон, укр. кiн (род. п. кона́) «угол», чешск. kon, напр. dokona «до конца, полностью». Связано с зако́н, нача́ть, ст.-слав. начьнѫ, начѩти.
http://ru.wiktionary.org/wiki/кон

КОНец

Значение:
1. предел, граница, край какого-либо объекта, а также его часть, примыкающая к этому пределу
2. прекращение чего-либо
3. перен. смерть
4. разг. расстояние, путь
5. спец., морск. канат
6. эвф., разг. то же, что половой член

Этимология:
Происходит от праслав. *konьсь, от кот. в числе прочего произошли: ст.-слав. коньць (др.-греч. ἄκρον, τέλος), укр. кiнець, белор. конец, болг. конец, сербохорв. ко̀нац (род. п. ко́нца), словенск. kónǝc, чешск. konec, словацк. kоniес, польск. kоniес, в.-луж. kónc, н.-луж. kóńc. Сюда же кон, на-ча́ть, др.-русск., ст.-слав. искони, др.-русск. поконъ «начало, обычай»; возможно, родств. также лат. rесēns «свежий», ср.-ирл. cinim «происхожу, возникаю», cinis «ortus est», или греч. καινός «новый», др.-инд. kanī́nas «молодой»
http://ru.wiktionary.org/wiki/конец

исКОНи

Значение:
1. высок., устар. с давних, незапамятных пор

Этимология:
Происходит от др.-русск. искони, иждекони (из *из же кони), ст.-слав. искони (др.-греч. ἐξ ἀρχῆς). От из- и кон- (коне́ц); с др. вокализмом — нача́ть (начѧти: начьнѫ). Использованы данные словаря М. Фасмера;
http://ru.wiktionary.org/wiki/искони