Для праязыка наиболее естественен третий вариант. Ц и Ч - составные, соответственно более сложные, звуки. Их не могло быть в праязыке.
А что касается последних двух тысячелетий да ещё и с переходом из языка в язык, то тут всяко могло быть. Каждый случай надо рассматривать отдельно. Мы эти вещи часто опускаем по умолчанию, но на самом деле каждый раз, когда мы говорим о "переходах", надо понимать когда это происходило (могло происходить), в каком языке (языках) и при каких обстоятельствах.

Чуть оффтоп, но, в принципе, в тему. :) Мы с женой смотрим сериал "Два с половиной человека". Там в заставочке главные герои поют простенькую песенку, там и слов-то практически. Мы оба были полностью уверены, что они поют "бен-бен-бен". Наша дочка нас уверила, что на самом деле они поют "мен-мен-мен" (англ. men - люди, слово из названия сериала). Логично. Но мы теперь смотрим и понять не можем, что же там на самом деле "бен" или "мен". Нам то так кажется, то так... :)