Прежде всего, я хочу сказать, что это просто праздник какой-то. :) И вот с этим праздником я нас всех и поздравляю!

По структуре.
Здесь должны быть только версии этимологии (трактовки) конкретных слов и их обсуждения, распределенные по темам, обозначенным буквами алфавита. Как бы ни был велик соблазн привнести сюда что-либо иное. В частности, не излагайте здесь свои лингвистические теории, отстаивайте их через трактовки конкретных слов.
Кроме тем, обозначенных буквами алфавита, я предполагаю наличие только двух (от силы, трёх). Разумеется, это сама вот эта тема, в которой мы сейчас обсуждаем и будем обсуждать в дальнейшем судьбу этого раздела. Вторая, если только у сомодераторов не будет возражений, я хотел бы перенести сюда тему "Идея словаря - базовая лексика" под укороченным названием "Базовая лексика". Конечно, содержащиеся там статьи можно распределить по буквенным темам. Но я считаю (принципиально!), что это не должно смешаться с общим словарем. Слова могут дублироваться в нём, но основу языка необходимо выделить особо. Иначе не видно будет, откуда всё вырастает. И её тоже хорошо было бы закрепить сверху. Она как бы и так уже не потеряется, но - будет проще.


По правилам формирования Словаря.
Тут поддерживаю сказанное Тюриным. Возможно, это следовало бы расширить и переформулировать в качестве рекомендаций авторам раздела. Это могла бы быть как раз третья небуквенная тема раздела. Прикрепленная (в самом верху) и необсуждаемая(!).
Выглядеть она могла бы примерно так.

Прежде чем размещать новую словарную статью в Словаре, постарайтесь её привести в соответствие со следующими рекомендациями:
- если рассматриваемое слово играет на ваш взгляд особую (ключевую) роль в лингвистических и исторических реконструкциях, подчеркните и обоснуйте этот момент;
- обязательно приведите официальные версии этимологии слова;
- приведите авторскую версию этимологии слова, по возможности подчеркнув точки расхождения с официальной версией;
- приведите данные или собственные соображения относительно дальнейшего развития слова (как в рассматриваемом языке, так и в иностранных), если таковые (данные или собственные соображения) у вас имеются;
- если в силу специфики изложения вопроса (например, вы пишете об истории слова на протяжении длительного времени) основные ваши соображения получаются разбросанными по тексту, то приведите в конце обобщенное резюме, не бойтесь повториться, будет хуже, если что-то потеряется в массиве текста или будет неверно понято;
- если у вас есть готовый, четко оформленный текст словарной статьи, текст, который (на ваш взгляд) можно будет практически без правки внести в будущий Словарь, обязательно приведите его.
- ....

Авторская версия словарной статьи может пополняться и развиваться всеми желающими.
Если вы хотите принять участие в обсуждении, то, кроме изложенных выше рекомендаций для авторов, учтите, пожалуйста, следующее.
- на данный момент запрещена критика самого лингвистического подхода автора, критиковать можно только этимологию (трактовку) конкретных слов с указанным в следующем пункте ограничением;
- критика конкретной этимологии допустима только в том случае, когда вы приводите собственную версию этимологии;
- ....

Вот как-то так. Если авторы и обсуждающие будут придерживаться подобных рекомендаций, то это потом существенно упростит работу создателям уже рабочей версии Словаря.

По критике.
Без неё как бы тоже нельзя. Я бы пока поступил следующим образом. Однозначно запретить критику самих лингвистических подходов к данному вопросу. Если бы мы заранее знали, кто прав в своей методологии, кто не прав, то давно бы уже все шли этим путем.
Критику отдельных этимологий разрешить только при наличии у критикующего своей версии. Иначе это просто потеря времени. Выше я уже попытался это сформулировать в "рекомендациях".

Относительно организации двух подразделов.
Это правильно, но сейчас это делать преждевременно. По мере накопления материала в существующем общая картина станет яснее, тогда и вернемся к этому вопросу.