У ФиН неоднократно приводится обоснование, что ДОН от слова ДНО.
Поразмыслив на тему я пришёл к выводу что это так, но следует объяснить нюансы, для полного понимания этого утверждения.

Видимо дон-дно встарь понималось не как ГЛУБИНА воды от поверхности до дна его, а как вообще граница водоёма, в том числе и вширь.

К такому выводу наталкивает слово БЕЗ+ДНА=пучина морская, не имеющая дна, бездонная.

http://www.slavdict.narod.ru/_0034.htm

А как известно море воспринимается именно как вглубь, так и вширь, безграничным пространством.
Соответственно большая река воспринимается уже как ограниченная акватория, по большей части из-за берегов ея ограничивающих, хотя не всегда их видно.

Из чего можно вывести что ДОН это именно Река, но очень большая, крупная.
При всём этом считаю что здесь примешивается подсмысл что такая Река=Дон обязательно впадает в море=БезДну.