О ней самой сообщается:

ПОЛУ́НДРА (или палундра), межд. (с англ. fallunder - падать вниз) (спец.). Предостерегающий окрик, употребляющийся на судах, а также пожарными на работе, в знач. берегись, падает сверху!

http://dic.academic.ru/dic.nsf/ushakov/956298

Однако лезу в словарь, он такого аглицкого слова знать не знает, заменяя его другим:

Перевод с русского на английский
полундра

межд. мор.
stand from under!

Википедики дают обтекаемое, не указывая на этимологию, и язык происхождения:
http://ru.wikipedia.org/wiki/Полундра_(морской_термин)

Полундра — восклицание, первоначально означавшее «берегись сверху!». В настоящее время используется как синоним слова «берегись». Сохранилось со времён парусного флота, когда матросы, работая на мачтах или реях, могли уронить инструмент или какую-либо деталь парусного вооружения судна и предупреждали об этом всех находящихся внизу, на палубе, криком «Берегись!»

На это и сказать нечего, ясень пен что этимология попросту неизвестна.
Попробую заполнить этот пробел.

Существует украинское слово (явный полонизм?):

плюндрувати- "разорять, опустошать"

Как я понимаю он связан со словами "плен","полон", на что указывается у Берынды:



Вы видите заметное смещение смыслового направления за последние 300 лет.

Плен-->опустошение.

Но дело не в этом, думаю что указанное- Плюдруй!! могла от казаков на чайках перейти к другим мореплавающим нациям, но не наоборот, со сместившимся до нунешнего смыслом межд. "полундра".

Очень может быть что наше УРА!, это лишь сокращённой формой от полундры, первоначально значившее - Пленяй, хватай добычу.



пс. нельзя исключать связи с стар.глаголом ПОЛЕВАТЬ, каковой обычай имели былинные богатыри..