Омографы — это слова с одинаковым написанием, но разным произношением и разным значением. Этимология омографов также не может объясниться с помощью "метода разбиения слов на логически-смысловые элементы" с дальнейшим объяснением смысла слова путём представления слова как сумму логически-смысловых элементов.

Атлас и атлАс
мУка и мукА
вИна (индийский муз. инструмент) и винА
кИрка (лютеранская церковь) и киркА (строительный инструмент)
Орган и оргАн
хлОпок и хлопОк
пОра и порА
вЕдение и ведЕние

ПривОд - принудительное доставление в нужное место какого-то лица - очень часто применяется в судебной практике;
прИвод - устройство для приведение в движение механизма - применяется в механике.

ЗапАх - положение частей одежды относительно друг друга;
зАпах - то-же, что и аромат.

ПроволОчка - задержка при выполнении какого-то задания;
прОволочка - уменьшительное от слова проволока.

УжИн - урожай, а если поставить ударение на букву "у": Ужин - вечерняя еда.

ВенЕц - то-же, что и венок; вЕнец - житель города Вены.