>>>>Поэтому, о каких омонимах и пр. тут может идти речь. <<<<

Хотите сказать, что отрицаете понятия ОМОНИМЫ, ОМОГРАФЫ? А куда денем слова: основа - снова; прок - порок; луковый - лукавый и т.д.

два слова КОН и КОНЬ практически одного написания, но произошедших от разных слов ("корень" и "комонь") и имеющие разные значения?

Сюда же добавим слова САН (звание) и САНИ...Это по-вашему тоже cлова одного происхождения?