>два слова КОН и КОНЬ практически одного написания, но
>произошедших от разных слов ("корень" и
>"комонь") и имеющие разные значения?
>

Да кто вам это сказал, что слова КОН и КОНЬ, произошли от слов КОРЕНЬ и КОМОНЬ?
Вы хотите сказать, что люди сначала создают длинное слово, а потом его сокращают?


>Сюда же добавим слова САН (звание) и САНИ...Это по-вашему тоже
>cлова одного происхождения?
>

Каждое слово всегда индивидуально и внутри даже совершенно одинаковых слов с разным значением, лежит разный составной образ, по которому эти слова сложились.