Цитата. Иванов "Историческая грамматика русского языка".

Или, например, слова начало и конец исконно были образованы от одного корня *kьn- // *kon-; в исконном *na-kьn-dlo звук <к> перед гласным переднего ряда изменился в праславян-
64
ском языке в <с'>, а сочетание <ьn> перед согласным — в <е>; |е] позже на восточнославянской почве изменилось в <а>; так возникло сочетание <с'а> (-ча-) вместо *кьn. Во втором слове корень *kon- не изменился, так как оказалось перед гласным: *коn-ьс,-ь.

Конец цитаты.

Не понятно "исконное" "накьндло". Если когда-то это слово было, то оно должно было где-то остаться, однако ни в одном европейском языке такого слова и близко нет. Далее звук "к" переходит в "ч", а сочетание "ьн" переходит в "е" носовое. Потом "е" носовое переходит в "а".
Три перехода. Причём по большому счёту "а чего ради"? Это вам не лук-лучок.
Слово "конец" в этом звучании есть только в славянских языках. Причём в балканских языках оно передаётся словом "край", в западных романских словом "finish", а в германских "end". Отсюда следует, что слово накьндло никак не может быть исходным.
Слово "начало" в западных языках звучит везде по разному, а в славянских во всех как початок, зачатек, но практически везде одинаково. Так что если и происходил переход, то скорее "ча" в "кон", а не наобороть.
Любая теория имеет границы своей применимости. Здесь теория смягчения заднеязычных перешла свои границы.