...У меня почему то основа другая получается. В слове "сноха" присутствует "н + гласный". Значит налицо "юсовая трансформация" слова. На месте "н + гласный" изначально был юс, а само слово выглядело примерно таким образом: сѫка.

В дальнейшем юс трансформировался в чистый звук "у" - "сука", "н + гласный" - "сноха". Также юс трансформировался в "м + гласный". Получилось просто "самка"...

Судя по всему, ваш "юс" многолик как Шива и неисчерпаем как атом :о).
Итак, из одного "сѫка" мы получаем "сука", "сноха" и, наконец "самка". Я готов в это на мгновение поверить, но как же тогда артикулировался исходный "ѫ"? Получается, что в одном и том же окружении (или просто в одном и том же корне) гласный мог звучать как минимум двояко: с запаздыванием носового призвука (е+н при распаде или даже е+м, откуда берется губная артикуляция при заднеязычном соседнем звуке в слове "самка" не совсем понятно) и с опережением (н+гласный)?

...Господин Вернер в 1875 году опубликовал список исключений, в которых не работал закон Гримма. По закону Гримма не получалось вывести из, реконструированного на основе санскрита и какого-то из греческих языков, "индо-европейского языка" многие немецкие слова...

Господин Вернер не только опубликовал список таких исключений, но и поставил озвончение прагерманских согласных в зависимость от ударности предшествующего гласного (на праиндоевропейском этапе). Ударность ПИЕ гласного установлена на основе "санскрита и какого-то из греческих языков". Получается, что закон Вернера ещё сильнее связал германские языки с ПИЕ и, более того данные о ПИЕ акцентуации, полученные из санскрита и греческого стали косвенно подтверждаться данными прагерманского консонатизма. Не так уж сильно смахивает на простую заплатку на законе Гримма.

...Так вместо "фатера" (отца) по закону Гримма получался "фапер"...

Вот что бывает, когда не понимая переписываешь Википедию. По закону Гримма получался "фа(th)ер" а должен был получаться "фаðер", а никак не "фапер".

...Кроме законов Гримма и Вернера существовал еще и третий основополагающий лингвистический закон - "Закон Клюге". Так его не так давно признали недействительным...

Не знаю, можно ли попытку объяснения появления прагерманских длинных глухих смычных согласных ассимиляцией звонкого смычного и -n "основополагающим лингвистическим законом".
К тому же, закон, сформулированный в 1884 году был поставлен под сомнение уже в 1906 году из-за большого количества исключений. Слабовато для "Фундаментального закона".

...Даже если допустить, что индо-европейский язык когда-либо существовал, всё равно остаются вопросы. Например, откуда этот индо-европейский язык взялся? Он был дарован с небес в готовом виде или же развивался самостоятельно. Если он развивался самостоятельно, то из какого источника и каким образом?

Официальное историческое языкознание не дает ответов на эти вопросы...
Более того, в 1866 году Парижское лингвистическое общество запретило все обсуждения о происхождении языка. Лондонское Филологическое общество последовало его примеру в 1872 году. К запрету присоединились лингвистические общества других стран. Запрет действовал в течении более чем ста лет...

1. Официальное историческое языкознание всегда ставило вопрос возникновения ПИЕ. Высказывались и активно обсуждались разные гипотезы, от естественного развития из более древнего языка до креолизации. Сейчас первая точка зрения популярнее (т.н "ностратическая" и прочие макросемьи)
2. Парижское лингвистическое общество запретило дискуссии о происхождении не конкретно праиндоевропейского, а языка в принципе.
Кстати, одну из первых гиптоез о ностратической макросемье (иными словами о языке-предке праиндоевропейского) развил Хольгер Педерсен, который был членом Парижского лингвистического общества. Не видите здесь противоречия вашим словам?