Во первых, кириллическая письменность не является самой древней.
Во вторых, где вы там увидели надстрочные знаки? Там есть черта показывающая сокращение и разной величины буквы, иногда вписанные одна в другую. Вероятно такое письмо пришло на смены слоговому, так как слоговое не всем было по мозгам, как и сейчас. Возможно первые надстрочные знаки существовали, чтобы показывать, как читается слоговая буква, или писали так как на ваших картинках. Сделали так, чтобы письмо было более понятным обычным, не шипко умным людям. Но место для письма всё равно было ограничено, поэтому буквы так теснили.