...Большой прокол, потому что в древние времена при создании слов в основном обращали внимание именно на их смысл, а не на фонетику...

Вы чем-нибудь можете подтвердить свои слова?
Сохранился ли какой-нибудь язык, где словообразование осуществляется с помощью описываемой вами схемы? Если такой подход был в ходу только в древности, то какими надёжно установленными фактами можно это подтвердить?
Например, русский язык на протяжении всей его истории пользовался набором словообразовательных методов, основной из которых - аффиксальный, т.е. образование новых слов с помощью приставок и суффиксов, боле того, на общеславянском этапе использовались те же самые методы, поскольку все славянские языки за редким исключением воспроизводят ту же словообразовательную схему. Любимый вами санскрит устроен по тем же самым принципам, поэтому ваши попытки опереться именно на санскрит при поиске "смыслов" и "образов" очень забавны. Ну и конечно же, приаиндоевропейский язык, общий предок наших языков пользовался той же самой аффиксацией. Установлена структура ПИЕ-слова: корень+основообразующий суффикс+окончание. В консервативных языках типа русского многие сегодняшние падежные или глагольные окончания и продуктивные суффиксы суть продолжение или фонетическое преобразование тех ПИЕ-суффиксов. То есть, носители индоевропейских языков уже несколько тысяч лет при словообразовании не обращают внимания на смысл в вашем понимании а пользуются другими, вполне конкретными словообразовательными методами.

...Кстати, в русских говорах существуют, например, такие слова как
пу-к-лый - пу-х-лый, пы-к-ать и пы-х-ать (курить трубку) и т.д.
Здесь сосуществуют одновременно и "к" и "х", потому что славянорусская "почва" состоит из множества разных по происхождению народов...

Во-первых, в каких конкретно? Во-вторых, почему вы считаете что это некий субстрат, а не особенность фонетических процессов в каком-то диалекте?

...Ну, это субъективное мнение. Кстати, любопытно, какую альтернативу в лингвистике вы считаете качественной? Назовите, пожалуйста, автора такой альтернативы и его бессмертные труды...

Вся "альтернативная лингвистика" с которой я сталкивался либо манипулирует незнанием (автора и читателей ил в худшем случае только читателей) базовых лингвистических понятий, непониманием того, что такое язык и как он устроен, либо опирается на неподтверждаемые аксиомы типа особого мышления древних людей.