Надо пользоваться формулировкой из школьной программы - "корень это неизменяемая часть слова". Все остальное - от лукавого. Корень может состоять даже и из одного звука и даже из разных его вариантов (например, глухой - звонкий). Например "иДти-иДи-шеДший-хоД-хоЖу"