>>Не сказано какую именно ДНК выделили из костей.

А по ссылке сходить слабо? Там внизу PloS One.

Here, based on cloning sequencing and polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphisms, we analyzed polymorphisms in the first hypervariable region and coding regions of mitochondrial DNA of 19 human bone remains which were excavated from a tomb near the Terra Cotta

Там же сможете почитать, на каком основании сделаны предположения о возможном географическом происхождении строителей.

>>А предположить, что 40% евреек просто-напросто изменяли своим мужьям - коэнам с носителями других гаплотипов ученые просто не догадались.

А есть основания к такому предположению? Речь идет о крайне религиозных делах, а там прелюбодеяние как-то не очень приветствуется.
Но дело не в этом. Достаточно опять же сходить по ссылке на оригинальную публикацию и внимательно ее прочитать, как станет понятно, откуда берутся сделанные в ней выводы.