В упоминаемой вами статье http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pubmed&pubmedid=14691732 отстутствуют какие-либо аргументы в пользу заявлений типа:

"We estimate an effective mutation rate at an average Y chromosome short-tandem repeat locus as 6.9×10-4 per 25 years, with a standard deviation across loci of 5.7×10-4, ..."; "Zhivotovsky et al. (2003) estimated the effective mutation rates at autosomal microsatellite loci as 0.71×10-3 per 25 years and 0.70×10-3 per 25 years for tri- and tetranucleotide repeats, respectively." и т.п.

В статье приводятся десятки ссылок на другие (наверняка - столь же пустые) работы. Но обилие слов - ещё не есть доказательство в естественных науках, к которым относится и статистика. Устойчивое впечатление, что заявляемые числа высосаны из пальца с какими-то не объявляемыми целями, скорее всего - ради подгонки к "результатам" других лабателей.

То что эта чепухня тенденциозна и опирается на поповские бредни, следует из радостных заявлений типа: "Recall that the Maoris arrived in New Zealand 800–1,000 years BP; together with the time estimate between the two separation events in figure 3, this implies ~3,500 years BP for divergence of the Samoans from a common ancestral population. "

Оценка скорости мутаций должна проводиться не на мифологических сочинениях баптистских проповедников, а на реальном материале. Но тут, к нашему сожалению, пока слишком мало материала для устойчивых оценок статистик. Слишком мало поколений людей можно наблюдать сейчас генетически.

Кстати, и откуда следует, что существует эта самая "средняя скорость мутации"? В том смысле, что это среднее имеет какое-то предельное значение? Чуваки, которые бездумно об этом бредят (не зная формул сложнее, чем "великое уравнение Животовского": T_D=(D_1–2V_0)/2w ) очевидно маловато учились в ВУЗе.

Существуют ли доказательства существования таких "средних скоростей" для каких-нибудь дрозофил или бактерий? Только у них достаточный объём материала для оценок имеется.