Еще есть вариант расмотреть такую гипотезу:
Часть исторических материалов про Ивана IV относится на самом деле к Ивану III.
Т.е. если встречается где-то Иван Васильевич, то, возможно, это Иван III.

Параллели:
1. По датам разница около 100 лет. Не совсем 100 лет, но все-же (сдвиг на 100 лет известен).
2. Оба Иваны Васильевичи.
3. У обоих был сыны Иваны Ивановичи, которые оба умерли/погибли при странных обстоятельствах.
4. Оба были Грозные. Причем встречал понравившуюся версию, что прозвище Грозный давали не за жестокость, а за взятие, например, Казани.
5. Оба Ивана ходили и/или брали Казань и Новгород.
6. При Иване III тоже был митрополит Филипп!