Ваши вопросы можно свести к двум пунктам.
1. Методика применения статистических методов сравнения нарративных текстов, разработанных Фоменко.
2. Условия статистической устойчивости их результатов.
Но фактически второй пункт является составной частью Методики.

Фоменко не решал задачу создания методики, в которой были бы заложены обоснованные и опробованные способы решения всех обозначенных Вами проблемных вопросов. Он в общих четах описал примененные им статистические методы сравнения нарративных текстов и результаты их применения на конкретных исторических документах. Это стандартный научный подход. Он основан на конкретной практике. Часто невозможно оценить достоверность полученных результатов путем анализа обоснованности всех параметров статистической обработки. Здесь как раз такой случай. То есть, претензий к Фоменко типа «не указал параметры статистической обработки» быть не может.

Если Вы хотите оценить достоверность результатов применения статистических методов сравнения нарративных текстов, полученных Фоменко, то Вам нужно самостоятельно пройти тот путь, который прошел он. И самостоятельно принять решения по десяткам параметров статистической обработки. Полученные результаты Вы сравните с результатами Фоменко. Это и будет Вашей авторской верификацией последних. Далее Вы может самостоятельно оценить влияния выбранных параметров обработки на устойчивость результатов.