В головном тексте Вы задали самые общие вопросы с самых общих позиций. Кроме того, они сформулированы некорректно.

Все, что я Вам написал, это общие рассуждения с самых общих позиций. С самых общих позиций к Фоменко не может быть претензий. Это я и старался до Вас довести.

А если не с общих позиций, то обсуждаться должны конкретные результаты. Это я тоже старался до Вас донести.

Но, как я понял, у меня это не получилось.

///А могу я спросить вас лично? Если вы пользовались сами методикой Фоменко для построения графиков, то как вы отбирали исходные данные, по каким критериям?//////

Я не работал этими методами. У меня другие интересы. Но критерии отбора известны.

Исходные данные должны соответствовать поставленной задаче (1) и обеспечивать ее решение с приемлемой достоверностью (2). Они должны быть легитимны в ТИ (3).

Исследование должно выполняться по следующей схеме.
1. Постановка задачи
2. Обоснование выбора исходных данных для ее решения.
Далее следуют другие этапы
3. Обработка исходных данных (с обоснованием параметров обработки)
4. Описание полученных результатов
5. Анализ полученных результатов.
В последнем разделе как раз и должен быть рассмотрен вопрос о достоверности полученных результатов.
6. Выводы (и рекомендации).
Удачи!