Великая ложа - не организация с большим числом заседающих/голосующих, а объединение нескольких лож. Причём это не конкретная организации, когда можно было бы сказать, что великий это "самый большой". Великих лож много, но всех их объединяет то, что они являются "набором" других лож.

То есть опять-таки подтверждается значение слова Великий не как большой, а как "сложносоставной"/"набор".

http://ru.wikipedia.org/wiki/%C2%E5%EB%E8%EA%E0%FF_%EB%EE%E6%E0