Я, как бывший программист, заранее знал где и что искать. Криптографы давно всё посчитали. Книжку, которую использовал я, можно скачать здесь:
http://bookfi.org/book/803630
Однако, они пользуются СОВРЕМЕННОЙ версией языка, поэтому необходимо их подход "творчески переработать".

Заходов для этого, IMHO, необходимо сделать несколько:
1. Как верно заметил еще Николай Михайлович, 500 лет назад, народ, в основной своей массе - дикари. Много и членораздельно произносить они не могли по определению.
Следствие: набор звуков бедный, звуки - самые простые. Алфавит, соответственно, тоже скромный. Гласных, я думаю, всего четыре-пять: а, о, и, у. Возможно, е-э. Именно их в современном русском максимум. Несколько согласных, с современной точки зрения "невнятных": фита-th, пси - ph - почти плевок, нечто "шипящее", нечто "хрипящее". Не знаю дальше что еще ...
Путь от первой буквы до последней - короткий. ОДИН-ДВА, ну три слога.
Вот это, как раз то, что мы статистикой можем найти без труда.

2. В некий момент времени, набор звуков для слов ЗАКОНЧИЛСЯ, и некая группа больших, на тот момент времени, интеллектуалов, начала СОЗНАТЕЛЬНО РАЗВИВАТЬ язык. Сидели кружочком, в нос дули... юсы рисовали... йоту нашли. Найдя несколько новых звуков начали их внедрять, не исключено, что оплеухами.
С этим сложнее. Небольшую общину переучить еще можно, а община то уже расползлась по свету...
Эти нововведения мы будем наблюдать в статистике как "мусор", в роде ж, ц, ч... Даже ш\щ выглядят мусором.
Не знаю пока как с этим быть, идей нет.
Кроме того, по хронологии, где то здесь и происходит фальсификация. Т.е. "тех" интеллектуалов вырезали, пришли новые и начали "дудеть" по-своему. Из "ОI" сделали "Ы"...

3. И, самое главное: МАССИВ СЛОВ. Где взять массив слов, чтобы подбор данных был объективным? ...хорошо бы в электронном виде :( У меня студентов нету, которых можно загрузить "за трояк" :(

4. Массив слов зависит еще и от ХРОНОЛОГИИ. Здесь, очевидно, нас ждет полная засада. Текстов ранее XVII века на русском мы, похоже, не имеем совсем. Вот такие, отдельные "глыбы", как Розетский камень.

Но, пораскинем мозгами, возможно, что то нароем.