Иоанн не говорит, что Рим и Вавилон это одно и то же. То, что под Вавилоном он имел ввиду Рим, это ваше предположение.

Вообще Иоанн описывает сверхестественные события, которые будут в будущем. Он мог под Вавилоном иметь ввиду и другой город.

А Москву Римом называют, третьим. Такие дела.