ТИ в её современном виде появилась не одномоментно.
Её создавали 300 лет и общими усилиями всех заинтересованных сторон.
Так что да - и времени, и средств на редактирование всего того, что прошло цензуру, хватило.
Не только на 1-2 шкафа, но и на много большее.
То же, что отредактировать не представлялось возможным, попросту уничтожили.
Примеров и того, и другого в книгах ФиН - масса.

P.S. По поводу "определённой хронологии", отражённой в источниках, вы напрасно полагаете, что она полностью совпадает с той, к которой вы привыкли.