>Раз пишут очевидцы ПОД Кенигсбергом, значит логично измерить ширину там же.

Во времена написания "Послания Таубе и Крузе", в конце 16 века, город Кёнигсберг не обладал размерами современного Калининграда, и
располагался только на правом берегу реки Прегель.

Авторы "Послания" использовали словосочетание "Прегель ПОД Кенигсбергом", потому, что написать "Прегель в Кенигсберге" было бы неверно, т.к. фактически - река омывала город со стороны.

Ваши изыскания (с желтым кругом, зеленым овалом и красным квадратом) относятся не к ширине реки, а к ширине Калининградского морского канала, открытого в 1901 году.
Калининградский морской канал начинается от входных молов г. Балтийска и проходит вдоль северного побережья Калининградского (Вислинского залива) до устья реки Преголь у двухярусного моста в г. Калининград (https://ru.wikipedia.org/wiki/Калининградский_морской_судоходный_канал).