>То есть, согласно гипотезе, в случае разногласий, часть
>горожан, недовольных принятым решением, из Ярославля
>направлялась для принятия альтернативного решения в Вологду?

Можно так сформулировать

То есть, согласно гипотезе, в случае разногласий, часть горожан из разных городов содружества, недовольных принятым решением, или не договорившись, для принятия альтернативного решения из Вологды направлялась в Ярославль, как в верховный суд.