Действительно - мутноватое место в реконструкции ФиН.

Но - можно попробовать прояснить.
В Трое находились две группы людей.
Одна - сторонники и родственники свергнутого императора Андроника Комнина, религией которых было родовое христианство. Родственники Андроника вскоре стали богами. Эней по реконструкции ФиН - из них.
Другая - сторонники и родственники захватившего власть Исаака Ангела. Их религией была та, которая (предположительно) впоследствии стала «ересью жидовствующих» и католицизмом.

Крестовый поход (по реконструкции) был направлен против второй группы.
И представители первой группы, конечно, могли находиться в городе во время боевых действий. Если по какой-то причине им не удалось убежать после прихода к власти Ангелов.