//////Обозначает ли отсутствие упоминаний этих слоев недостоверность их исследования?//////

Конечно. В Новгородской археологии принято (по договоренности) не описывать археологические слои выше верхнего яруса мостовых. Формально эту практику следует интерпретировать как недостоверное выделение археологических слоев 16-20 веков. Реально - как подлог, которые совершали и продолжают совершать археологи.