...Cтранно выглядит такой аргумент. Есть же чередование гласных даже в современном языке, например: в корнях БЕР/БИР...соБИРаю - соБЕРу (чередование Е/И); прилОжить - прилАгать (чередование О/А) и т.д...

После такого становится очевидно, что в словарях вам понятно далеко не всё :о)

Все исторические чередования гласных подобного рода должны иметь причину, в вашем случае - это чередование по долготе гласного перешедшие из ПИЕ в праславянский.

...Это же в "древности" формировалось слово КОРАБЛЬ....Вполне возможно чередование гласных О/А...Вполне логично КОРАБЛЬ от КОРОБ...

Не логично. Праславянская форма - "korb", (от которой уже восточнославянское "короб"), Корабль могло формироваться только от этой формы. Предположив праславянскую форму "korbjь", мы должны ожидать следующих форм - "коробль" для восточных славян (замена гласного в ударном слоге для русского языка практически невероятна), "крабль" для южных и "кроб" для западных, но во всех славянских языках мы видим "корабль" и производные. Чтобы это объяснить Трубачеву и ко пришлось привлекать "недостаточно изученное" праславянское ложное полногласие