>С точки зрения защиты первоначального поселения от набегов
>врагов самое оптимальное расположение - это место нынешнего
>Кремля.

Эти глухие места долгое время просто не интересовали врагов.


>С запада и северо-запада город защищает естественная водная
>преграда - река Неглинная. "Длина реки составляла 7,5
>км, ширина долины достигала 1,5 км, а глубина долины — 25
>м."
>(via)
>
>С востока город защищала река Яуза.
>
>С Юга город защищала река Москва и болотистое место известное
>ныне как Болотная площадь.
>
>А расположение первоначального поселения ниже впадения Яузы в
>Москву реку не эффективно с точки зрения защиты поселения. С
>востока нет защиты в виде достаточно крупной реки.

Мелкие речушки - одна мельче другой - не являлись серьёзным препятствием.