Вы путаетесь в категориях. По результатам естественно-научных методов исследований получают факты, которые считаются научными. Но это не абсолютные факты. Они имеют погрешности и степень достоверности.
На основе научных фактов строятся гипотезы, в частности глобальная и частные реконструкции прошлого человечества. При этом на основе научных фактов может быть сконструирована и гипотеза о сознательной фальсификации свидетельств о событиях в прошлом.