Всё правильно. Я как рассуждаю. Великого разнообразия в графике тогда не могло быть. Его, по сути, и сейчас нет, при всём многообразии шрифтов, ибо это вопрос понимания – вопрос идентификации каждой буквы. А тогда были только какие-то варианты – всякие уставы, полууставы и т.п. Условно говоря, если сочинение Афанасия Никитина написано полууставом конца XV века, а сам он умер в 1474 году, то… понятно, что это уже переписка (а значит и вероятная правка). Если буква «Т» с тремя вертикальными чертами реально появилась в таком-то веке, то её появление в более ранних документах сразу наводит на мысль.
Что касается маркерных документов. Конечно, они необходимы. Совершенно очевидно, что вброс некоторого количества знаковых фальшивок мог быть принят историками за норму. И, скажем, полуустав реально 17-го века в глазах историков мог превратиться в полуустав 15-го. Исходя из чего производится датировка и прочих документов. Как выявить этот момент, пока непонятно. Для выбора самих «маркерных» документов надо обратить серьёзное внимание на все «странности» эволюции графики букв, чтобы привести их в какую-то систему. Плюс учитывать политическую важность того или иного документа – это влияет на вероятность подделки.
Я предлагаю начать с малого. Зацепиться за букву «Т», как весьма характерный случай. А далее уже отслеживать и прочие «маячки».
Для меня пока странен факт, что Смотрицкий в своей грамматике не отметил второго варианта написания «Т». Если таковое начертание реально было распространено уже с 15-го века, то не заметить он этого не мог. Ладно только Смотрицкий, но его же ещё правили москвичи спустя 30 лет. Но такое ощущение, что и они с этим не сталкивались. Они что, «Острожскую Библию» не читали?..

Вот картинка из грамматики Смотрицкого: