Никаких противоречий нет.

Начало 17 века - Смута > поражение ордынской династии > Китай становится самостоятельным > обустраивает свою северную границу (строит "стену"). Но Сибирь еще Романовым не принадлежит.

/////Отношения Китая с Романовыми стали напряженными, начались пограничные конфликты. Потребовалось возвести Стену, что и сделали, по-видимому, во время пограничных споров XVII века. Вооруженные столкновения разгорелись с середины XVII века."/////

В цитате не говорится, что начались пограничные конфликты Китая и Романовых. В цитате сказано: по причине напряженных отношений Китая с Романовыми у него возникли проблемы на северной границе. Но с кем конфликты - не сказано. И это правильно.

Пример здесь простой. Азербайджан и Армения отделились от России (СССР) и у них начались пограничные конфликты.

А отгораживались китайцы стеной от "степных сообществ". И Россия от них отгораживалась. Например, Новая Закамская линия построена в 30-х годах 18 века.