>...выравнивание произошло естественным образом без применения строительных
>технолоиий (таких как заполнение оврагов/низменностей землёй) ?

Точно сказать никто не может. Археологические раскопки охватили крошечную часть Кремля. Вероятно где-то были подсыпки.